在教学内容上，人文素质教育与专业基础并重。主干课程有三类：
1、传统国学课程：以原典为中心，培养学生研读能力，文史常识教育贯穿其中。
从第二年开始，实行导师制，培养研究和写作能力。
2、英语及西方文化课：全外教授课，全英语教学。
3、常识与实践课程：泛读、美术、音乐、体育、科学、地理等。

国学课程由国内一流大学相关专业博士学位获得者，或副教授以上专家授课。英语及西方文化课由外教授课。

主要优势：
1、师资优势：
（1）由浙江大学人文学院提供学术支持。 由初阳书院教育与学术委员会提供教学指导。委员会由国内外多所大学专家教授组成。
（2）一部分授课教师为硕、博士研究生导师，授课者、授课内容与研究生课程直接衔接，避免了中学与大学，本科与研究生教育脱节问题。
（3）另一部分为外教，使用英语教学，与国际语言环境无缝对接。
2、管理优势：实行小班化教学和管理，初中起点班每班不超过10人；高中起点班每班不超过25人。每名学生都配有专人担任学习管理员。
3、环境优势：初阳书院所在的浙江图书馆，环境幽美，坐拥千万册图书；介于浙大西溪和玉泉校区之间，人文氛围浓厚，是杭州的学习“圣地”。