在教学内容上，人文素质教育与专业基础并重。主干课程有三类：
1、传统国学课程：以原典为中心，培养学生研读能力，文史常识教育贯穿其中。
从第二年开始，实行导师制，培养研究和写作能力。
2、英语及西方文化课：全外教授课，全英语教学。
3、常识与实践课程：泛读、美术、音乐、体育、科学、地理等。

国学课程由国内一流大学相关专业博士学位获得者，或副教授以上专家授课。英语及西方文化课由外教授课。

      2013年5月20日下午两点，在吴志坚老师提议下，初阳书院学生会议召开了第三次全体会议，分析前一阶段存在的旷课、迟到等问题原因，商讨解决方案。会议旨在解决问题，而非批判问罪，始终在理解、坦诚气氛中进行。

     吴志坚老师首先回顾了自己作为学生时期旷课、迟到的经历，诙谐幽默，打消了与会学生的紧张感。大家纷纷发言，总结了旷课的几个原因，第一是有一两门课上的不好，满堂灌，枯燥乏味，缺乏兴趣，所以逃课了；第二也承认有时是想偷懒，尤其下午的课，总打瞌睡。进一步分析，有的是作息时间安排不科学，头一天没睡好。但也有的是纯偷懒，无任何客观原因。吴老师代表书院表态，初阳书院的学生有权选择不上不想上的课，但无权不学习。如果提交本课程的替代自学方案，经老师认可后，即可不上课而自行学习。关于睡眠，吴老师提出学生自行制定作息计划，保证睡眠。如果控制不住自己玩电子产品从而影响睡眠，则委托宿舍老师代为保管至周五放学后归还。如果没有任何客观原因，只是不想上课，视为不选择在书院学习，可回家自学一段时间，再行考虑。这一方案提出后，学生愉快接受，提议表决后，全体通过。

　　关于上课迟到，会议首先讨论了日常生活，包括职场、恋爱等场合中的迟到问题，大家认识到这个习惯会对自己生活产生意想不到的不良影响，纷纷表示不赞同。吴老师提出自己迟到的话就做俯卧撑，同学们很开心，表示要学老师的样，共同提出迟到一分钟做一个俯卧撑，或绕小操场跑一圈，老师求饶说日常课迟到也俯卧撑的话，怕撑坏二头肌，还是改张榜公布，这个提议在哄笑中通过。最后，上述内容形成初阳书院学生行为规则。