在教学内容上，人文素质教育与专业基础并重。主干课程有三类：
1、传统国学课程：以原典为中心，培养学生研读能力，文史常识教育贯穿其中。
从第二年开始，实行导师制，培养研究和写作能力。
2、英语及西方文化课：全外教授课，全英语教学。
3、常识与实践课程：泛读、美术、音乐、体育、科学、地理等。

国学课程由国内一流大学相关专业博士学位获得者，或副教授以上专家授课。英语及西方文化课由外教授课。

        日前，由浙江图书馆和浙江大学人文学院历史文献研究所共同承担的“浙江未刊学术著作出版工程”取得阶段性成果。第一批拟出版书目初定。在这个项目基础上，浙江图书馆拟整合国内相关学术力量，成立浙江历史文献研究基地，基地将对全球学界开放。初阳书院是这个项目的重要参与者和推动方，书院的研究部将依托这个研究基地，为学生提供一流的研究环境和深造机会。